A holografikus térkép szerint az Űrkalózok gyártelepén keresztül elérhető lőtér egy liftrendszer segítségével közelíthető meg, amely a térképrészlet alapján biztonsági okokból le van kapcsolva a hálózatról. Miután a szőke szépség a felvonóhoz ér, váratlanul egy NZG-41 kódjelű Szövetségi Rohamosztagosba botlik, aki felajánlja segítségét a lift újraaktiválásában. Samus látva a helyszínt biztosító katonák jelenlétét, fejbiccentéssel hagy helyet a felajánlásnak, ám miután a felvonó a legfelső szintre ér és hősünk átlépi a Lőtér bejáratát, odabent megszólal a hatodik érzéke.
Mint kiderült jogosan, hiszen a Trooper nemhogy nem követte, sőt! Tüzet nyitott rá, így a Chozo páncélba bújt leányzó a Morph Ball trükkel tudott csak kitérni a támadás elől, hogy fegyverét a rohamosztagos fejére szegezze. A célpont sűrű pillantásokkal mérte végig Samust, és miközben páncélzatán fényes lézernyalábok suhantak végig, az álcázó modul laza sercenésekkel vedlette le a Rohamosztagos külsőt – melyből végül egy kékes-lilás színű alak körvonalai bukkantak elő. A furcsa külsővel megáldott figura metamorfózis alakváltó technológiája nem volt teljesen ismeretlen, az adatbankban fellelhető információ szerint a történtek ugyanis számos hasonlóságot mutatnak a Jovian XII bolygó természetes élővilágával, Gandrayda ködbevesző múltja pedig számos ponton kapcsolódik az őslakosokhoz. Mialatt Samus a kijelzőre vetített elemzésekre pillantott, a női egyed egy szemvillanás alatt felismerhetővé vált. A fejvadász karjára erősített löveggel maga Gandrayda porhüvelye néz farkasszemet, legalábbis amennyi a túladagolt Phazon következtében maradt belőle: a szkenner ugyanis rendkívül magas mutagén koncentrációt azonosít a célpont sejtszerkezetében, amely a vizsgálat alapján egy külső, ismeretlen erővel összefonódott szimbiózist is jelzett.
Samus riválisa tekintetét fürkészte, és azon tűnődött, vajon öntudatánál van-e a bábként mozgatott test… kívülről semmi jel sem utalt rá, leszámítva azt a fájdalmas pillantást, amelyet már Ghor és Rundas tekintetében is viszontlátott – egészen a haláluk pillanatáig. Egyetlen másodpercre úgy tűnt, mintha ellenfele motyogott volna valamit, de Samus gondolatban már a harcra fókuszált. Bár a lila ruhába bújt célpont rendkívül gyorsnak tűnt, és az álcázó képességének köszönhetően mindent be is vetett, a Chozo páncél szívósságát látva újabb merész ötlete támadt. Tudván, hogy Samus még nem viseli a savas közeg ellen védelmet nyújtó páncélt, még a kupola-alakú tetőszerkezetet is felnyitja, hogy kihasználja a kimerülőfélben levő fejvadász gyenge pontját. Szerencsére a Gandrayda által kibocsátott energiacellák segítéségével Samus mindvégig szinten tudja tartani az Energiatankok töltöttségét, így folyamatosan nyomás alatt tudja tartani egykori riválisát, mígnem célpontja a végzetes sérülések következtében feladja, és egy hosszú, mélyről feltörő sikollyal vész a semmibe, miután egy egész kompánia, köztük egy Űrkalóz, Rundas, Ghor, egy Berserker Lovag, de még Samus képmását karöltve is alulmarad a kimerítő összecsapásban. Hősünk még ki sem fújja magát, Dark Samus azonnal lecsap a hatalma alá vont porhüvelynek, amely egyetlen villanással vész a semmibe – Grandrayda nincs többé, s ezzel a Galaktikus Szövetségnek már csak egyetlen reménysége maradt: a híres fejvadász – a Chozok gyermeke, Samus Aran.
Miután magához tér, a Gandraydratól szerzett elektromágneses lasszójával hősünk elszívja a terminálból kinyerhető energiát, és a páncélt hátrahagyva azonnal az Űrhajójához siet. Az Elysia bolygón járva-kelve ugyanis a (Powerworks) szektorban egy olyan bejáratra bukkant, amely a számítógép elemzése alapján olyan védelmi rendszerrel volt felszerelve, amelynek inaktiválásához a nemrégiben szert tett Seeker Missile (követő rakéta) és Grapple Voltage hatásos segítségnek bizonyulhatnak. A szőke szépség ugyan a Savas eső elleni védelemre is gondolt, de a hatodik érzéke azt súgta, olyan ősi Chozo ereklyére bukkanhat a felhővárosban, amely nagyban megkönnyítheti az Űrkalózok szülőbolygóján történő továbbjutást is. Ezt a tézist egyébként a Skytownban újra működőképes AU 217 jelentése is alátámasztja, amely az újfent kontroll alá vont Elysian szektoroknak köszönhetően egy ismeretlen Chozo ereklyét azonosított, amelyet Samus csak a jelenlegi technológiával képes megközelíteni a felhőváros egyik távoli szektorában.
A számítógép mint oly’ sokszor, most sem okozott csalódást. A kibernetikus páncél bővíthető arzenálja a felkutatásnak köszönhetően egy újabb hasznos technológiával, a Spider Ball funkcióval egészül ki, amely az elektromágneses sínrendszernek hála, számtalan korábbi, látszólag elérhetetlen/megközelíthetetlen helyszín újra-felfedezését és átkutatását teszi lehetővé, amelyre hősünknek eddig megfelelő felszerelés hiányában még nem volt esélye. Mialatt Samus a Powerworksban járt, a számítógép egy újabb érdekes dologra hívta fel figyelmét, bár a gondolat a kompjúter tájékoztatása nélkül is átvillant a gondolatain: több, mint egy évtizede nem találkozott már olyan míves Chozo ereklyével, amely úgy tartotta volna ezt a szent tárgyat, mint amelyeket fejvadászkori első éveiben látott, amikor még a Zebesen és a Chozok választott otthonául szolgáló Tallon IV-en nevelkedett. Mielőtt azonban még visszaindult volna, Samus tett egy hosszabb körsétát az Elysian, és a begyűjtött energiacellákkal felvértezve az elveszett Valhalla kietlen roncsának koordinátáit táplálta be a navigációs kompjúterbe. A világűrben sodródó szellemhajóra való visszatérést már korábban eltervezte, és a megszerzett technológiák sorával most az eddig megközelíthetetlen szektorok átkutatása is lehetővé vált – arról nem is beszélve, hogy a hajón történt eseményekre is fény derülhet, amelyet a Dane admirális is bizonnyal örömmel vesz majd. [a G.F.S. Valhalláról bővebben az ide vonatkozó bejegyzésben olvashatsz]
A túra nem volt eredménytelen: bár a felderítés még nem 100%-os, Samus a Valhalláról egy újabb Energy Tankkal és további rakétamodul bővítményekkel megpakolva érkezett vissza az Űrkalózok planétájára, ahol a Proving Groundsból induló Spider Ball sínrendszerrel gurult be a szellőzőrendszeren át az eróziós pajzs lelőhelyéig. A nyirkos helységben egy kapszula oltalma alatt talált rá a Hazard Shieldre – látszólag síri csend honolt mindenütt, a koncentrálást csak a szellőző- és csatornafedeleken keresztül beszűrődő sejtelmes zörejek zaja törte meg. Mivel a Visor a Phazon jelenlétén kívül semmi mást nem jelzett, Samus a feladatra koncentrálva bekúszott a túloldalt levő biztonsági reteszig, ahol a kézi terminált meghackelve aktiválta a pajzsot, amely látványos fényjáték következtében olvadt bele a Chozo páncél csillogó mellvértjébe. Miután a kompjúter aktiválta a pajzs felületét, a Chozo páncél rögvest ellenállóvá vált a savas erózióval szemben, így gyakorlatilag elhárult a Leviathan magjához vezető út akadálya. Persze a speciális páncél eltulajdonítását az Űrkalózok se nézték jó szemmel, így a célzórendszer azonnal egy egész osztagnyi Aerotrooper, Pirate Trooper és Commando egység közeledtét jelezte a szőke ciklonnak, aki kicsit hátrahúzódott, vett egy mély levegőt, és jobb karját a fúziós ágyúra helyezve kattanásig behúzta a ravaszt.
A fegyver szívében található mag felizzott, és a csendes búgásból hirtelen masszív energianyalábok törtek elő. A célzórendszer milliszekundumok alatt kiszámolt röppályáján végighasító sugarak milliméter pontosan szelte ketté a testeket, amelyek tehetetlenül oszlottak semmivé a csatatéren: a Visor sarkában felizzó utolsó test porhamvait hátrahagyva Samus a zsilipkapu felé véve az irányt már a holografikus térképet fürkészte, hogy a tranzit állomások közti szektorok közti optimális útvonalat keresve a Skyway Accessbe érkezzen. A célállomás nem véletlen, hiszen a Skyway nyitja azt a szakaszt, amelyen keresztül a Defense Access-be, az Űrkalózok védelmi központjába juthat, ahol végül deaktiválhatja azt a pajzsot, amely megnyitja az utat Dane Admirális flottája előtt. Hősünk a páncél statisztikára pillantva megbizonyosodott a pajzs töltöttségi állapotáról, majd a karjára erősített fúziós löveget rakéta üzemmódra váltva sarokról-sarokra, lépésről lépésre számolta fel a csapatokban érkező Űrkalóz hordákat. A zebesi korcsoknak esélyük sem volt a szőke szépség ellen: Samus a Chozoktól kapott technológia segítségével szinte felőrölte az útjába álló agresszorokat, persze a hadműveletben nagy segítségére volt a Rendőri erőkben szerzett harci tapasztalata is.
A taktikai előnyhöz juttatott szövetségi rohamosztagosok a pajzs lekapcsolását követően azonnal irányításuk alá vonják a környéket: miközben a flotta az űrkalózok seregével vív ádáz harcot a kéklő égbolton, Samus belép a Leviathan tranzit állomás kapuján (Transit Station Landing), amely az Űrkalóz parancsnokság területéről nyílva a Phazon “termőföldek” betakarításának fő központja is egyben. Mivel ekkor már Szövetségi gyalogos egységek is biztosítják a helyszínt, s erről a generális személyesen biztosítja hősünket, a szőke szépség négy kommandó Trooperrel az oldalán indul útnak, hogy a katonák segítségével a csatornahálózat nyomvonalán egészen a Phazon telepekig nyomuljon előre. A P.E.D.-el felszerelt katonák némán és problémamentesen teszik a dolgukat, így mikor a fejvadász eléri a dokkot, Samus azonnal a hajója vevőegységére állított kommunikációs csatornára kapcsol, hogy a roppant kapuk koordinátáját leszkennelve és átküldve szétrobbantsa a teherdokk bejáratát. A Gunship néhány másodperc múlva fel is bukkan a horizonton, s a kicsiny csapat szeme láttára dönti le a Leviathan előtti utolsó akadályt: hősünk egy pillanatig sem tétováz, így a katonák még fel sem ocsúdnak a robaj láttán, Samus gépe a süvítő gravitációs hajtóműnek köszönhetően már el is emelkedett a földtől.
Az űrhajó némán siklott a Phazon által beterített csatornarendszerben: mialatt a sípoló fedélzeti számítógép megfelelő sebességre lassította a járművét a leszálláshoz, Samus a pilótafülke ablakából a környező vidéket fürkészte. A hajtóművek tompán puffantak a nyálkás, furcsa szerkezetű platformon – a csillogó sárga páncélba szerelt szervómotorok pedig csendes elnémulással fogadták, mikor a sisakrostély mögé bújt szőke szépség átlépte az űrhajó hasfalából leereszkedett lift peremét. Nem tétlenkedett. Tudta hogy szorít az idő így előreiramodott, és miután feltöltötte a készleteit a közelben levő terminálnál, a screwattack gyorsaságát kihasználva, a nyálkás csatornák vezette labirintuson átvágva egyszer csak egy arénában találta magát. Várható volt, hogy a Leviathan az Űrkalózok szülőbolygóján is gondoskodott személyes testőrről, de a jellegzetes visító hangorkán és Omega Ridley felbukkanása még hősünket is meglepte. Ezek szerint az Űrkalózok katonai parancsnoka nem pusztult el a Norionon, sőt: Phazonból készült megerősített páncélja még szívósabbá, erősebbé tette – persze, semmi sem tökéletes, főleg egy összefoltozott biomechanikus féllény, így a szkenner a korábbi sérülésből adódóan szinte azonnal felfedezte a gonosz gyenge pontját.
Samus újdonsült felszereléseivel (Grapple Voltage, Hypermode, Grapple Lasso) kitartó harc árán végül lehámozza Ridley páncélzatát, ám ezzel még nincs vége – a hadvezér fülsiketítő sikoly kíséretében egy Phazite pajzzsal próbálkozik, de Samus a röntgen szkennerrel (X-Ray Visor) megtalálja a bástyán a rést. Mialatt az aréna túlsó felébe rohan, aktiválja a Chozo kompjúter elemzőmodulját, amely a célpont karakterisztikáját és skeleton szerkezetét analizálva megállapítja, hogy a fúziós löveg Nova nyalábja a fizikai szerkezeténél és erejénél fogva hatásos lehet az agresszor ellen, amely a Screwattack képességgel kombinálva akár távolról, komolyabb veszélyhelyzetek elkerülésével is kivitelezhető. Az ügyes gerillataktika és a masszív sérüléseket okozó Nova nyalábok végül felőrlik Ridley erejét, és megsemmisítő csapást mérnek az Űrkalózok katonai parancsnokára – ideje hát megadni a végső döfést a Leviathan magnak is, amely valószínűsíthetően ismét brutális detonációt követően vész majd a semmibe, újabb kritikus mennyiségű Phazon dózissal nyakon öntve hősünket. A fertőzés lassan olyan szintre jut a szőke szépség szervezetében, amelyet már a Chozo-géneket tartalmazó sejtszerkezet is nehezen tud kezelni: összeszedve minden erejét, Samus fegyvertárába illeszti a Leviathan által hátrahagyott Hyper Grapple-t, amely szám szerint a negyedik, egyben pedig utolsó kompatibilis modul a P.E.D. által gerjesztett Hypermode-hoz. Ellenőrizve, hogy az új modul interfészei megfelelően működnek a fúziós löveg HyperBeam funkciójával, Samus tétovázás nélkül a mag felé emeli bal karját: a Hyper Grapple szikrázva tapad hozzá a Leviathanhoz, amely megroggyan, és az ütőerekként funkcionáló csápjai a földre zuhannak.
Miután a kaptár teteje szétnyílik, és a csillogó Visoron át kirajzolódik a Mag alakja, a szőke szépség minden erejét összegyűjtve kilövelli a páncélon felgyülemlett kéklő anyagot, amely pulzáló energianyalábként szeli ketté a korrupt fertőzés végső gócpontját. A vörösen pulzáló bolygó fertőzését ezzel sikerül is megállítania, ám miután űrhajójával a bolygót elhagyva pályára áll, hogy jelentést tegyen a küldetés sikeréről, az Aurora 242-es a teljesítményhez gratulálva még egy utolsó feladatot ad számára. Bár az Űrkalóz szülőbolygó megtisztításával az utolsó Leviathan Seedet is sikerült elpusztítania, a Skytownban időközben működésbe helyezett AU217-es a rendszerek újraépítésével a korábbi űrkutatások folytatásával újabb kritikus felfedezést tesz. A Leviathanok röppályáján végzett számítások alapján ugyanis sikerül lokalizálnia az óriásmeteorok forrását, amely a galaxis túlsó pontjába, egészen pontosan egy ismeretlen bolygó koordinátájára mutat. A távolság az AU242 gyors távolság elemzése szerint olyan nagy, hogy a jelenlegi technológiával lehetetlen lenne megközelíteni, ám míg Samus a Mag elpusztításával foglalatoskodott odalent, a gyalogos egységek felderítésük során egy újabb titokra derítenek fényt.
A bolygó átkutatása során kiderült ugyanis, hogy az Űrkalózok – feltehetően a megfelelő utánpótlás, és a könnyebb megközelíthetőség érdekében – egy Leviathan-szerű űrhajót telepítettek a bolygó pályája köré, amely képes féreglyukat nyitni a Phaaze bolygó közvetlen közelébe, így a Szövetség akár teljes mellszélességgel bevethetné a grandiózus méretekkel rendelkező flottát Dark Samus, és rabigába hajtott Űrkalóz kompániája ellen, felszámolva ezzel az ellenség teljes Űrkalóz aktivitását. Nyilvánvaló, hogy az évek óta folytatott harcokra nézve ez sorsdöntő szereppel bírna, így a nagy felfedezés szülte lehetőséget nem fogja a tanács veszni hagyni – ám mivel ez többfrontos akciót kíván, az AU232-es és Castor Dane admirális is számít az első számú fejvadász speciális segítségére.
Mialatt az eligazítás zajlik, a földi egységek szerencsére lokalizálták a terminálszobát, ahonnét az Űrkalózok a Leviathan fedélzetére léptek, így Samus rögvest visszaindul a bolygóra, hogy az AU242 által megjelölt koordinátákat felkutatva aktiválja a transzpondert, és a kapun átlépve megnyissa a féreglyukat a flotta és saját űrhajója számára. Samust is meglepte, hogy az organikus űrhajó gyakorlatilag egyetlen vezérlőfülkéből áll: körbenézett, és miután a Visor csak minimális információval szolgált a szemet formáló Leviathan mag származékról a terminál felett, odalépett és a Fúziós ágyú kommunikációs interfészét felhasználva megpróbálta aktiválni a kapcsolót. A várt hatás azonban elmaradt, A hajó nem moccan, és semmi jelét nem mutatja annak, hogy bármilyen folyamat az AU232 szerint a hajó féreglyuk-generátorához speciális vezérlőkódok szükségesek, amelyek talán a Valhalla sodródó roncsai között vannak, így mielőtt az űrhajók megindítanák a támadást, Samus tesz még egy gyors kitérőt a galaxis túlsó szegletében levő G.F.S. Valhalla kísértethajón.
A hajtómű még le sem állt, Samus már a Control Room Access felér rohant, ahol az ismerős Pirate terminálhoz sietett: mivel ezek a kontrollerek csak a röntgen által átvilágított kódok segítségével voltak vezérelhetőek, fejvadászunk aktiválta az X-Ray Visort, kiolvasta a terminál tartalmát és visszafejtette a Pirate Code kódot – az egész szinte gyerekjátéknak tűnt, persze kíváncsiságát inkább a közelben levő halott katona mellett heverő PDA-n világító hagyományos kód izgatta: ösztönétől vezérelve úgy döntött, utána jár a titoknak. Nem sokáig kellett keresgélnie: mint utóbb kiderült, a kód a közeli biztonsági mentéseket végző terminálhoz volt használható, amely az AU313-as utolsó rögzített üzenetét tartalmazta, amelynek elküldésére már nem volt lehetősége az Űrkalóz támadás bekövetkezte miatt.
“2467.3-as adatblokk bejegyzés: a G.F.S. Valhalla utolsó kommunikációs üzenete. A fedélzetre lépett Űrkalóz egységek visszaszorítására tett kísérlet kudarcot vallott. Sikeresen eltávolították az elsődleges rögzítő struktúrát a minket körülvevő sztázis tartály körül. Most már nyilvánvaló, hogy szándékukban áll elszállítani minket a Valhalláról. Létfontosságú, hogy a Szövetséghez eljusson ez az információ… elvágták a fő tápvezetéket… egy óriási bio-létforma létrehoz egy féreglyukat… beintegrálnak a… egy érző bolygó, minden Phazon forrása… közeleg a sötétség….”
Miután Samus rögzítette a felvételt, azonnal az Űrhajóhoz rohant, és visszarepült a Pirate Homeworld-re. Miközben némán bámulta a központi vezérlőegységet, összefüggéseket keresett: vajon miért vitték el az AU313-ast? Mi céljuk volt vele és legfőképp hol? Ki állhat a rablás mögött ? Sejtései voltak, ám a végkövetkeztetést már nem volt ideje levonni, ugyanis a nav-com csendes sípolással jelezte, hogy megérkezett a célhoz. Egy gyors dokkolást követően a még talpon maradt Űrkalózokat eltéve láb alól a transzponderrel a Leviathanra teleportálta magát, a kóddal aktiválta a hajót, majd visszasietve azonnal csatlakozott a flottához, immár saját gépe fedélzetéről követve az eseményeket. A Leviathan vastag kékes nyalábbal nyitja meg a galaxison átívelő féreglyukat: a flotta csatacirkálói, fregattjai és nehéztüzérséggel felvértezett rombolói, űrvadászai sivító hajtóművekkel Tivus formációban lendülnek támadásba, ám a túloldal sem tétlenkedik eközben: megneszelve, hogy mindent elsöprő támadás közeleg, az Űrkalóz flották harci alakzatba formálódva várják a Szövetség hajóit a fényesen kéklő Phaaze körüli pályán – a masszív harcok közepette Samus űrhajója szinte észrevétlen siklik át a cikázó lézerek mindent elsöprő hada mellett, és biztonságban landol a bolygó felszínén.
[A Phaaze egy kisebb, kékes színű, ritka légkörrel rendelkező holdszerű csillag, amely a Galatikus Szövetség által felügyelt rendszerektől mintegy 361 fényévnyire található (Aether-hez viszonyított távolság). Besorolását tekintve egy XIII-as osztályú elhagyatott, egészen egyedi szerkezettel rendelkező égitest, alkotóanyaga pedig egyetlen érző organizmusként fogja körbe a bolygó massza-alapú magját. A köré épült bioburok natív Phazon lelőforrás és beágyazódott Serpentine Wombs organizmusok lelőhelye, amelyek a szilikon/phazonból felépülő Leviathanok születéséért felelősek. Ez a reproduktív organizmus egyfajta védőburkot képez az általa tenyésztett Leviathan embriók számára, amíg azok elérik a kifejlett példány életkorát. Nagyjából minden 100. esztendőben, amikor a Leviathan transzformációja eléri a reprodukciós szintet, a bolygó felszínére kúszik, majd a világűrbe löki ki magát, hogy újabb gazda égitestet keressen a szaporodáshoz. A becsapódás következtében a mutagén anyag átalakítja a célplanéta flóráját és faunáját, majd a mag a folyamatos Phazon termelés következtében egy Phaaze klónná formálja át a csillagot, amely 20-25 év leforgása alatt kipusztítja saját élővilágát. A Phaaze natív formában állít elő Phazont, de a folyamat egyelőre még nem ismert: feltételezhető, hogy a Phazon termelődésének köze van a rendkívül szívós, fekete Phazon kristályokhoz, amelyekről a Phaaze felfedezésééig nem is tudott a kémiai bizottság.
A Phaaze-t egyébként az Elysiara telepített Chozo obszervatórium fedezte fel, mégpedig egy rég elveszettnek hitt kutatószonda segítségével, amely évszázadokkal a fellövését követően valahogy a Phaaze bolygón ért földet, és sikerült némi csillagászati és kémiai információt visszasugároznia az Elysiara. Sajnos, az adatok jelentős része odaveszett, így a Chozo csillagásznak csak annyit sikerült értelmeznie belőle, hogy a planéta maga is egyfajta “élő organizmus”. A kutatás ezzel félbe is szakadt, hiszen a Phaaze rendkívüli távolságra volt, még a standard Chozo űrutazás léptékeivel mérve is. A bolygó újra felfedezése nem sokkal azután történt, hogy Dark Samus Űrkalóz flottákat vitt magával a Phaaze-re – ezt követően történt a G.F.S. Valhalla elleni támadás, amelyben a zsákmányolt Aurora 313 Phaaze-re telepítésével Dark Samus képes volt később a bolygó irányítását maga alá vonni. Az azonban máig rejtély, hogy talált a Metroid Prime esszencia a bolygóra.
A Phaaze élővilága nagyrészt Phazon alapú, hiszen még a légkör is relatíve gáz halmazállapotú mutagén anyag. Számos élőlény, mint a Phazon Puffer, a Phazon Hopper, vagy a Phaz-Ing natív létforma, de meglepő módon Phazon- és Hopping Metroidokkal is találkozni; ennek tudatában a Metroidok és kaptárjaik felbukkanása a Phaaze bolygón a sorozat egyik legnagyobb misztikuma és rejtélye. Természetesen számos további, eddig még nem látott bio-létforma létezik a planétán, néhány annyira egyedi összetételű, hogy még Samus szken visorja sem képes azonosítani a sejtszerkezetüket. A bolygó pusztulásával azonban minden élőlényt kipusztultnak nyilvánít a GF biológiai kutatóosztálya.
A Genezis üreg (Genesis Chamber), amely egy óriási méretekkel rendelkező mély barlang, egyike azon helyeknek, amelyek a felső kéreglemez rétegeit kötik össze a bolygó belső szerkezetével: azt nem tudni, hogy több is van-e belőlük, mindenesetre Metroid Prime-hoz hasonló héjak és üres skeletonvázak is megtalálhatóak benne – azonban azt Samus sem tudta megállapítani, hogy ezeket maga Dark Samus hagyta-e hátra, vagy egyéb más, a bolygón esetlegesen felbukkanó Prime-októl származnak-e. Azt azonban sejteni lehet, hogy a Tallon IV-en felbukkant Metroid Prime teremtmény nagy valószínűséggel ezen Genesis Chamberek valamelyikében született. Dark Samus, a testében található tiszta Phazonnak köszönhetően energiát abszorválhat el a környezetéből, amelyet önmaga gyógyítására használhat, ám ehhez feltehetően az AU313-as maghoz kapcsolódása is feltétel.]
A szőke fejvadász hatodik érzéke azt súgja, hogy a kaland akárhogy is, de rövidesen véget ér: Dark Samus jelenlétére szinte pulzál a teste, a Phazont azonban képtelen már kordában tartani. Mikor csinos fejvadászunk a felszínre lép, az ultra magas koncentrációjú, természetes környezetében létező mutagén anyag újabb löketet ad a sejtjeiben burjánzó kórnak. Az automata védelmi rendszer már nem bírja szinten tartani a kritikus értékre mászott fertőzést, így a P.E.D. a páncél energiatankjaiba tölti át a folyamatosan termelődő anyagot. Samus pengeélen táncol – elég egy pillanatra megfeledkeznie a testében dúló ádáz csatáról, és azonnal holtan esik össze, ráadásul az űrhajójában sem találhat már menedékre, ugyanis a fedélzeti kompjúter a megváltozott DNS szerkezetnek köszönhetően nem ismeri fel tulajdonosát, így a hajó hasán levő zsilip egyszerűen nem nyílik ki. Az egyetlen pozitívum, hogy a felgyülemlett Phazon mennyiségének köszönhetően folyamatos Hypermode-ban használhatja fegyverzetét, amellyel kordában tarthatja a fertőzés szintjét, a fúziós ágyú folyamatos használatának segítségével.
Nincs más hátra, mint előre: Samus nagy levegőt vesz, miközben tekintete a kékes-zöldes környezetet fürkészi: gondolatban már leszámolt a gonosszal, így nincs mitől félnie. Ha eljön a végzet, és magához szólítja ősi nemezise által, büszkén hajt fejet előtte, de eltökélte: mindent meg fog tenni azért, hogy Dark Samust is magával rántsa a pusztulásba. Itt, a végzet küszöbén állva hősünknek nincs már vesztenivalója: vet még egy pillantást hőn szeretett Űrhajójára, s a Chozok spirituális erejétől hajtva teszi az egyik lépést a másik után, hogy a Phaaze legmélyebb bugyraiba hatolva derítse ki Dark Samus hollétét. A sisakrostély mögé bújt, kékes-tónusokkal dúsított női arc egyre mélyebbre és mélyebbre hatol a Phaaze szívében, ahonnét látszólag már nincs visszaút: a Genesis Chamber iszonytató mélységébe zuhanva ráadásul akkor sem tudna már visszajutni a felszínre, ha akarna. Nem is áll szándékában, hiszen a Visor ultra magas Phazon koncentrációt és furcsa anomáliát észlel a közelben, így miután földet ér, alig tesz néhány lépést, és egy óriási aréna kellős közepén találja magát.
Íme, a végső pillanat színtere, a klasszikus összecsapás jó és rossz között – gondolja. Keserédes mosollyal a szája szegletében nyugtázza, hogy a megérzéseiben sosem kell csalódnia – Dark Samus szinte a semmiből támad, és a vegytiszta Phazonból felépült Metroid Prime esszencia mindent elsöprő támadást indít a galaxis legbátrabb és legjobb fejvadásza ellen. Az agresszor óriási Phazon gömbökkel, pajzsként felhúzott falakkal és toxikus csapdákkal ostromolja Samust, aki a Hypermódnak köszönhetően folyamatosan hárítani tudja a hullámokat, és a fúziós ágyút feltöltve még kontrázni is tud: ellenfele látszólag a környezetből abszorvált Phazonnal igyekszik gyógyítani a sebein, közben hatalmas erejű toxikus gyűrűcsapásokkal próbál minél nagyobb sérülést okozni a kitartó fejvadászon. Látva, hogy arzenálja a Phazon fertőzött Samus ellen hasztalan, Dark Samus végül osztódni kezd, és a legkülönfélébb formációkba csoportosulva támadja ellenfelét, akinek azonban helyén van az esze, és a fegyverarzenálját, valamint a páncél speciális képességeit bevetve derekasan állja a sarat nemezisével szemben. Kis idő elteltével Dark Samus a kimerültség jeleit mutatva lerobbantja az aréna egyik hátfalát, ahonnét egy gigantikus, szörnyű förmedvény bújik elő – a szőke szépség szkennerje villámgyors elemzést végez: szörnyű a felismerés, a célpont ugyanis nem más, mint a G.F.S. Valhalláról elrabolt AU313-as, amelyet a mutagén anyagnak “hála” az Űrkalózoknak sikerült iszonytató gyilkológéppé változtatniuk. Dark Samus ráadásul egy szemvillanás alatt fúzióba lép a szörnyszülöttel, és csápjait, fegyverzetét, erejét használva kíméletlen támadást indít.
Persze Samust sem abból az ijedős fajtából faragták, így azonnal aktiválja a Visor beépített analizátorát, amely villámgyorsan hathatós információkkal szolgál: az AU313-as bár látszólag erős páncéllal védett, az egyik gyenge pontja a nyak illesztésnél keresendő. Hogy ez a felület sebezhető legyen, elég, ha a kiálló csápokat megsorozva Samus lesokkolja a célpontot, és a lasszó segítségével máris fedetlenné tehető a központi agy… hiába, a Chozok által képviselt technológiai szint messze a legfejlettebb elemzőalgoritmusokkal van felvértezve, így Samus tudja, hogy mindig bízhat a páncél által prezentált eredményekben. Jól irányzott lövésekkel követi is a kompjúter javaslatait, amellyel a tervnek megfelelően súlyos sérüléseket okoz a célpontnak, aki a biztonsági protokollt futtatva még Dark Samus esszenciáját is beveti, csakhogy csillapítsa a sérülések gyakoriságát.
Az AU313-as Samus rendületlen ellenállása következtében végül leszakad a bolygóval őt szimbiózisban tartó törzsről, és vad ámokfutásba kezd. A küzdőteret lézernyalábok szaggatják fel, az elszabadult AU313-as pedig búgócsigaként hasítja fel a Sanctum felszínét – a kiszámíthatatlan mozgás következményeként Samus csak a páncéljába épített szervómotorok akrobatikus képességeinek köszönhetően tud kitérni az őrült bestia elől – lassan azonban felőrli az AU313 fedetlen interfészét, majd egy végső, centralizált lövedékkel végzetes csapást mér Dark Samus fizikai és szellemi kivetülésére. Samust felemészti a támadással járó energiaveszteség: az AU313 masszív robbanás kíséretében löki hátra a tehetetlen testét, aki a végkimerültségtől már szinte moccanni sem bír – a földön fekve, levegő után kapkodva nézi végig ős-nemezise végső haláltusáját, miközben a kompjúter elkeseredetten próbálja újra működésre bírni a tartalék energiaforrás segítségével a páncél elsődleges védelmi rendszereként funkcionáló kinetikus pajzsot. Metroid Prime eközben a semmibe vész, Miss Aran pedig arra eszmél fel, hogy a korrupt fertőzés a robbanás következtében az utolsó sejtmagig kiürül a szervezetéből.
Maga sem hiszi el, de a páncélba épített DNA szkenner igazolja a feltevést, miszerint a sejtszerkezet megtisztult, ám a szimbiózis kontrollálatlan felbomlása miatt a bolygó instabil működésében helyreállíthatatlan láncreakció veszi kezdetét. Az óriási robajjal járó aktivitást még a bolygó körül csatázó Dane admirális flottája is érzékeli, a kompjúterek riasztásából pedig nem nehéz kikövetkeztetni, hogy a tüske-szerű láncok gyorsuló tendenciája a Phaaze robbanásához vezethet – a parancsnok így habozás nélkül azonnali visszavonulót és a féreglyuk újbóli megnyitását rendeli el. Az akció az utolsó pillanatban sikerrel zárul, de a bolygó robbanása olyan detonációval jár, hogy az Űrkalózok szétzúzott armadájából hátramaradt csatahajók, de még a féreglyukat megnyitó Leviathan hajótest is elpusztul a lökéshullámban.
A Szövetség flottájának ugyan sikerül az ugrás, de súlyos veszteségek árán: a hajók 37%-a elpusztult, a megmaradt legénység fele pedig súlyos sérülésekről ad számvetést. Bár a Leviathan, az Űrkalózok és a Phazon fertőzések forrása, a Phaaze, s vele együtt Dark Samus is megsemmisült, ráadásul a krízisnek is vége, Samus hollétéről nem érkezett jelentés. Mialatt Dane admirális a parancsnoki hídról a galaxis mély sötétségébe réved, s szemeivel a kéklő sötétséget fürkészi, váratlanul egy fénylő pont úszik el fénysebesen a horizonton – Samus sértetlenül, űrhajójának fedélzetéről csal mosolyt és tiszteletet a Szövetségi flotta admirálisának arcára, mialatt leadja a küldetésről szóló jelentését. Mission Completed – majd a sárga Gunship üstökösként tűnik el a csillagok fényének árnyékában.
Mielőtt a galaxis legjobb és legsikeresebb fejvadásza újra az ismeretlen homályába veszne, egy fénylő pont jelent meg Elysia kéklő égboltján. Ahogy közeledett, egyre inkább kivehetővé vált a kicsiny sárga űrhajó – pilótája úgy döntött, még visszalátogat elődeinek becses hagyatékául szolgáló felhővárosba, hogy mindentől távol, csendben adózzon fejvadász barátai emlékének. Miután az űrhajó némán és szinte észrevétlenül dokkolt az Elysia egyik kikötőjében, Samus leállította a gravitációs hajtóművet, és fáradt mozdulatokkal letántorgott a pilótafülkéből a dokk peremére. Két láthatatlan érintőgombot megnyomva leemelte sisakját, majd letelepedve a távoli messzeségbe nyúló podok végeláthatatlan hálózatának látványába meredt. Vajon megmenthette-e volna Rundast, Ghort és Grandrayda-t, ha előbb magához tér a Norion támadás után? Hogyan fertőződtek meg ezek a kiváló felfedezők, hogy volt képes Dark Samus átvenni felettük a hatalmat, amikor ő is ugyanúgy kapcsolatba került a Phazonnal ? A kérdések válasz nélkül kavarogtak fejében, mialatt a lágy szellő karmai lágyan hullámzó szőke hajfürtjeibe kapaszkodva borzolták tincseit. Vajon Metroid Prime is elpusztult a robbanásban? Akármennyire is remélte, senki sem felelt, egyértelmű választ pedig nem kapott kérdéseire.
Samus üldögélt még egy kicsit, s jól elméjébe vésve Elysia csodás látványát, lassan felkerekedett, és tétova léptekkel a hajója felé indult. Mikor a felvonóra lépett, a kézfejére erősített aktivátor segítségével a Chozo páncél automatikusan lekapcsolta magát a hősnő kékes overalljáról – ő pedig egy félénk mosollyal ajka szegletében belépett a pilótafülkébe. Nem sokkal később a hajó lassú, lomha mozdulatokkal felemelkedett, és könnyed, lágy ringatózással távolodva a felszíntől, eltűnt a messzeségben. Samus nem is sejtette, hogy egy ismeretlen, kékes színű űrhajó tűnt fel mögötte a messzeségben, amely lassú tempóban követni kezdte az egyre távolodó szőke szépséget…